《极秘搜查》讲述了1978年发生在釜山的一起真实案件。一个孩子遭到绑架，刑警孔吉勇受孩子父母特别委托，负责调查此案。为了保护孩子，他决定展开秘密搜查。
与此同时，孩子的家人四处寻找有名的算卦师，希望确认孩子的生死，但得到的答案却都是孩子已经遇害。直到他们找到道士金钟山，金道士根据孩子的生辰八字推算后断定：“孩子肯定还活着。”他还预言，半个月后罪犯将首次与家人联系。
果然，在孩子失踪半个月时，家人接到了罪犯的电话。孔吉勇也从对方提供的线索中确认孩子仍然活着，开始相信金道士的判断。然而一个月过去，案件调查依旧毫无进展。相比确认孩子的生死，所有人都更加急于抓住罪犯，只有孔吉勇和金道士仍未放弃，继续联手展开搜查，努力拯救孩子。
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