《杉原千亩》讲述了20世纪中叶，出身普通日本家庭的杉原千亩（唐泽寿明饰）凭借出众的语言能力与情报分析才华进入日本外务省，随后被派往伪满洲国外交部任职。在工作期间，他展现出非凡能力，却也因此被苏联视为“不受欢迎之人”。1939年，杉原千亩赴任日本驻立陶宛大使馆，负责观察欧洲各国的动向。不久之后，德国向波兰发动闪电袭击，局势急剧恶化，第二次世界大战就此拉开帷幕。随着残酷的种族清洗展开，大批犹太人被迫背井离乡，拖家带口地寻找渺茫的生路。最终，他们聚集到日本驻立陶宛大使馆门前，请求杉原千亩签发过境签证，帮助他们逃离险境。然而，受日本与德国结盟关系的影响，日本方面拒绝了难民的请求。面对国家立场与人道良知的冲突，杉原千亩作出了一个足以改变无数人命运的重大决定……
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