好人寥寥讲述了发生在美国驻古巴关达那摩湾海军基地的一起谋杀案。两名海军陆战队员道森和多尼被指控杀害同袍圣地亚哥。海军律师丹尼尔·卡菲（汤姆·克鲁斯饰）与助手山姆奉命接手案件，调查后发现，圣地亚哥生前曾申请调离基地，还举报过道森。卡菲原本打算通过庭外协商，为两名被告争取两年刑期，但道森和多尼始终坚称自己无罪，认为他们只是执行了上级默许的红色条规——一种由士兵私下实施的训诫方式。
卡菲、山姆与另一名律师盖洛维（黛米·摩尔饰）组成辩护团队，开始深入调查案件真相。基地指挥官杰塞普上校（杰克·尼科尔森饰）成为关键人物：他不仅拒绝了圣地亚哥的调离申请，还曾下令对其执行红色条规，并在事后擅自篡改飞行记录。卡菲逐渐掌握了事情的真相，却因缺乏确凿证据而陷入困境；如果直接指证杰塞普上校，他自己也可能遭遇麻烦。案件的审理由此陷入一场正义、军纪与权力之间的艰难较量。
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