《围剿》的故事发生在抗日战争末期的1944年冬天。一支由九名日军组成的小分队奉命进山，寻找一处曾经存放细菌武器的山洞。与此同时，山中唯一的一户人家正在为去世多年的爷爷过生日，家里杀猪庆祝，老太太则抱着亡夫留下的二胡，沉浸在复杂的回忆中。
日军突然闯入院落，兽性大发，除逃走的三个儿子外，将一家人全部杀害。随后，他们在后山找到了目标山洞，却发现自己再也无法顺利下山复命。日军的暴行激怒了当地百姓，逃脱的三兄弟决定为家人报仇，一场三个农民与九名全副武装日军之间的较量就此展开。
兄弟三人凭借对山势地形的熟悉，利用大刀、斧头、绳子、铡刀和铁叉等农具，与日军的三八大盖和刺刀周旋。他们将日军困在山洞中，令其不敢下山，整整持续了将近两年。漫长的对抗中，老大战死，老三也战死，兄弟只剩下原本最胆小的二喜；日军方面则只剩下残酷的鬼子队长。
此时，战争变成了两个人之间的死斗。日复一日的骚扰，夜复一夜的投石与叫骂，成了双方较量的全部内容。两人之间已经不再有农民和士兵的区别，心中只剩下同一个念头：杀死对方。冬去春来，秋去冬来，他们每天醒来，唯一的目的就是置对方于死地。二喜要让鬼子为杀人偿命，鬼子队长则执意下山完成任务。
僵持持续了两年，直到解放军来到这座早已荒芜的山村，才发现这里竟然还在进行着一场特殊的战斗。最终，鬼子队长在绝望中自杀，二喜则在喊出“我终于报仇了”后，喜极而泣。
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