《彗星路西法》的故事发生在被蓝色光辉的吉夫特矿石覆盖的行星吉夫特。生活在因矿石采掘而繁荣的小镇“靛蓝花园”的少年宗吾天城，平日最大的乐趣就是收集稀有矿石。某天，他被卷入同级生卡恩、罗曼和欧特引发的骚动，并意外迷失在矿山深处的地底湖。
在那里，宗吾遇见了一名神秘少女：她拥有随风飘动的蓝色长发，以及一双直直凝视着他的红色眼瞳。她究竟是什么人？这场邂逅又将为宗吾带来怎样的改变？从这一刻起，两人之间结下的羁绊，将为他开启通往冒险的大门。
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