《某科学的一方通行》的故事发生在东京西部的巨大都市“学园都市”。这里居住着约230万人，其中八成是学生，所有人都接受着超能力开发课程，并按照能力强弱被划分为从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六个等级。
在这座都市中，位于能力者顶点的是最强能力者一方通行。他不仅凌驾于众多能力者之上，更是仅有的7名“超能力者”中排名第一的存在。然而，绝对的力量也让他的日常充满杀戮与战斗。一次次偏离常轨的“实验”，以及在追逐至高力量的尽头尝到的败北，逐渐改变了他的人生。直到他与一名少女——最后之作相遇，命运就此发生巨大转折。最强而凶恶的“恶”一方通行，将挥动自己的力量，扫平学园都市隐藏的黑暗。
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