《巴哈姆特之怒 VIRGIN SOUL》的故事发生在神秘的密斯塔尔希亚，这里生活着“人”“神”“魔”三大种族。巴哈姆特复活所引发的世界崩坏被平息后，十年转瞬而过。新任“人”王先是袭击“神”之神殿，随后又攻陷“魔”之国度。经历毁灭危机的王都逐渐复兴，并取得了更加迅猛的发展，为人类带来了财富与繁荣。
然而，这份繁荣却建立在牺牲之上：魔族沦为推动王都复兴的奴隶，而神族也因信仰逐渐消失而失去了力量。随着世界原有的平衡一点点崩塌，人、神、魔各自秉持的正义彼此交错，一场新的冲突即将展开。
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