《幻影少年》讲述了不良少年二海堂昶（小野大辅配音）的奇异遭遇。性格孤僻、厌恶上学的昶在逃学途中遇见了神秘的黑衣男子白银（诹访部顺一配音）。白银声称自己与昶之间存在无法割舍的羁绊，并约他当晚十点在校舍见面。昶起初并未把这件事放在心上，却没想到那次赴约将他带入了一个光与影交织的全新世界。
在校舍里，昶遭到神秘怪物袭击，虽然被白银及时救下，却也因此永远失去了自己的影子。为了维持自身的存在，昶与白银签订契约，由白银暂时充当他的影子。此后，被称为“黑魑”的怪物不断纠缠二人，昶也逐渐被卷入一场围绕影子展开的争夺战。
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