在最终决战中夺回原本世界后，Gatchaman健、Tekkaman城二、Polimar武士和卡辛铁也各自回到了属于自己的地方。然而，为了某个目的，四人又与笑一同穿越时空，再次降临到同一个世界。
这里，威胁和平的人类之敌“恶魔党”肆意横行，而由Gatchaman率领的“科学忍者队”正为守护世界而持续奋战。面对这个令他们感到莫名违和的世界，四位英雄遇见了一个意想不到的男人——科学忍者队的创设者南部博士。
面对本应熟悉的健，南部博士却露出诡异的神情，并向英雄们说出了令人震惊的话：“看来你们似乎是我的敌人。”
与此同时，一道身影始终在楼顶窥视着他们。那正是曾与健并肩对抗恶魔党的科学忍者队No.2——“神鹰乔”。
四大英雄的全新激战，即将在银幕上拉开帷幕。
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