《学战都市Asterisk第二季》的故事发生在一场席卷二十世纪地球的前所未有大灾害“落星雨”之后。灾害摧毁了世界上的大多数都市，但人类也从陨石中发现了未知元素“万应素”，科学技术因此飞速发展，并催生出拥有特殊力量的新人类“星脉世代”。世界规模最大的综合战斗娱乐赛事“星武祭”，便在由六所学院环绕、被称为“六芒星”的水上学园都市“六花”举行。转学进入星导馆学园高等部的特待生天雾绫斗，为了实现自己的愿望，立誓在这座都市中不断战斗。
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