《潘朵拉之心》的世界由四大公爵家族掌控。奥兹（皆川纯子 配音）是萨流士家的下一任当家，却在十五岁的成人仪式上，仅因“存在”这一莫名其妙的理由被判有罪，并被投入永远无法超生的阿鬼茨监狱。身陷监狱的奥兹遇见了被称为“染血黑兔”的艾莉丝（小野大辅 配音），在她的帮助下成功逃脱，却意外回到了十年前。
重获自由后，奥兹决心查清事件真相，找出企图抹杀其存在的幕后真凶。与此同时，艾莉丝也在奥兹的帮助下，踏上寻找失落记忆的旅程。两人一同前往传说中的禁忌之地，而那里究竟隐藏着怎样的秘密？
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