《活击 刀剑乱舞》的故事始于文久三年。倒幕派击败佐幕派，宣告刀剑时代走向终结，幕末动荡的历史由此展开。
曾经作为主人战斗武器的和泉守兼定，与刀剑男士堀川国广一同奔跑在雨中的山路上。在审神者的激励下，他们踏上了付丧神之路。刀剑男士肩负着守护“正确历史”的使命，必须击败企图篡改历史的时间溯行军。
随着陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永等伙伴加入，他们投身于风云变幻的时代，与时间溯行军展开激烈交锋。刀刃出鞘，剑光交错，刀剑男士即刻出阵。
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