《有顶天家族第二季》继续以京都下鸭神社、纠之森为舞台，讲述继承了曾任狸猫界头领的亡父总一郎血脉的下鸭四兄弟，围绕热爱宝冢的母亲展开的热闹日常。三男矢三郎继承了父亲浓厚的“傻瓜血脉”，一场狂乱之夜过后，下一任“伪右卫门”的选举、叔父夷川早云的谋划，以及与“星期五俱乐部”之间发生的种种，都如同被风卷走一般，渐渐消散在京都夜空中。
季节更替，洛中迎来清香弥漫的新叶之时。毛球们顾不上屁股的寒冷，再度开始蠢蠢欲动。曾被天狗诱拐并因此获得神通力的人类美女弁天离开了京都；而深爱着得意门生弁天、长期隐居的大天狗赤玉老师如意岳药师坊，依旧带着寂寞与不快，每天在破旧公寓里坐在从未叠好的被褥上，喝着赤玉红葡萄酒。
就在此时，赤玉老师的儿子“二代目”在一场激烈的父子争吵中败北离开后，成为了一名英国绅士，并于百年之后终于回到故乡。这个震动天狗界与狸猫界的惊人消息，很快传遍了洛中内外，也令众人陷入震惊。
京都小镇之中，人类、狸猫与天狗的命运再次交错，一场更加喧闹的毛球绘卷就此拉开序幕。
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