在这个几乎每个角落都已被探索的世界里，仍有一处神秘之地无人能够彻底探明，那就是巨大而深不见底的纵向洞穴“大洞穴阿比斯”。这里不知延伸至何方，栖息着各种奇异生物，也沉睡着许多如今的人类无法制造的珍贵遗物。阿比斯的神秘姿态吸引着无数人投身冒险，那些一次次挑战大洞穴的人，最终被称为“探窟家”。
孤儿莉可生活在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”，一直梦想着成为像母亲莱萨那样伟大的探窟家，并解开阿比斯隐藏的谜团。某天，随着母亲的白笛被发现，莉可决定向阿比斯深处进发。与此同时，被她捡到的失忆机器人雷格也为了寻找自己的记忆，选择与她一同踏上旅程。
进入深界四层后，莉可不幸中了穿弹兽的毒，幸亏“生骸”娜娜奇出手相救。此后，娜娜奇也成为莉可和雷格的同伴，三人继续向波多尔多所在的深界五层前进。就在那片未知的深处，他们遇见了一位自称普鲁修卡的女孩……
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