翔子是流星学园中等部的一名中学生，与她感情深厚的姐姐响子在五年前出国留学后便下落不明。某天，翔子突然遭到神秘人物袭击，而袭击她的，竟是曾被女神雅典娜封印的邪神厄里斯麾下的邪精灵。
在这场突如其来的危机中，翔子逐渐得知雅典娜、圣斗士以及圣斗少女的存在，也发现自己与姐姐之间牵连着残酷的宿命。随着灵魂被封印的厄里斯即将复活，邪精灵的行动日益猖獗。与此同时，星矢等人正经历银河战争与十二宫的激战，沙织和圣斗少女则在黄金圣斗士力量的帮助下，展开了对抗邪精灵的战斗。
不仅如此，邪恶的撒加也出现了复活的征兆。掌握着改变一切关键的，正是刚刚开始接受训练、立志成为圣斗少女的翔子。即便一次次被残酷命运击倒，少女们依然选择奋起反抗。一场少女与诸神之间的壮烈战斗，就此拉开序幕。
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