11eyes讲述了皋月驱（小野大辅 配音）的故事。姐姐莫名自杀后，驱失去了所有亲人，也因此彻底封闭了自己的内心。尽管亲梅竹马水奈瀬由佳（后藤麻衣 配音）以及养父母一直给予他关怀和照顾，他的生活却始终无法回到从前那般单纯快乐。
一次偶然的经历中，驱和由佳被传送到一个天空悬挂着红色月亮的异世界，并在那里遭到一群外形可怖的怪物追杀。两人好不容易死里逃生，回到原本的世界，却发现这个被称为赤夜的时空正逐渐侵蚀现实世界。
共有七人被卷入赤夜之战，他们都是绫女丘市虹绫馆学园的学生。为了活下去、查明事件真相，同时守护自己珍视的人，命运选中的六人不得不放下隔阂，携手展开战斗。
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