西条拓己（吉野裕行配音）是个性格怯懦、缺乏责任感的“废柴”少年，平日住在集装箱里，除了上课，几乎所有时间都窝在家中沉迷网络游戏。深陷二次元世界的他，对现实生活漠不关心，认为三次元的一切都与自己无关。
与此同时，涉谷地区接连发生被称为“New Gene”的猎奇杀人案。受害者死状凄惨，这一系列案件也因此声名狼藉。某天，拓己在网络聊天室里遇到一个自称“将军”（代永翼配音）的神秘人物。对方兴致勃勃地预告了下一起案件的经过，还传来血腥的案发现场照片。拓己起初只把这一切当成恶作剧，并未放在心上，然而几天之后，将军预言的内容竟一一变成现实。
出于好奇，拓己偷偷潜入犯罪现场，意外遇见了浑身染血、神情空洞的少女咲畑梨深（喜多村英梨配音），于是认定她就是凶手。然而没过多久，梨深却以昔日好友的身份重新出现在拓己面前。真正的凶手究竟是谁？神秘的将军又有着怎样的真实身份？身处现实与幻想的夹缝之中，拓己混乱不堪的头脑将一次次面临关乎生死的抉择。
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