故事设定在未来世界。某一天，一种被称为“HUGE”的神秘生命体突然出现，人类因此陷入濒临灭绝的危机。为了对抗HUGE，世界各国联手研发出专用武器，而能够使用这些武器的少女则被称为“莉莉”。
此后，世界各地陆续建立起专门培养莉莉的学校“Garden”。每所学校都有自己的名称与特色。女主角一柳梨璃（赤尾光配音）就读于百合丘女学院，并在那里结识了几位性格迥异、将与她并肩作战的伙伴：待人冷淡且个性鲜明的白井梦结（夏吉优子配音）、出身名门的千金大小姐努韦尔（井泽美香子配音），以及拥有超高智商和渊博知识的二川二水（西本里美配音）。
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