故事大多发生在美国的都市小镇村（The City of Townsville）。作为这座城市的守护者，飞天小女警承担着阻止银行抢劫、参与火灾救援以及制止怪兽破坏城市等各种任务。面对罪犯和怪兽，她们从不手下留情，通常会先狠狠教训对方一番，再将其关进监牢或交由警方处理。
飞天小女警设有专属热线，市政厅、小橡树幼稚园以及基妮老师家中都安装了分机。每当城市发生犯罪事件，通常都是市长打电话向她们求助。作品始终传达着这样的理念：英雄并非绝对善良，坏蛋也不一定彻底邪恶，因为每个人都有善与恶的一面，关键在于如何作出选择。
结尾画面和结尾语也是本作的一大特色，每个故事都会以相应的画面和话语收尾。多数情况下，结尾画面会出现飞天小女警三人，而结尾语通常是“一天又平安的过去了，感谢飞天小女警的努力！”不过，这些安排并非每集都完全相同，最后登场的也可能是对解决当集纷争最有帮助的人、事或物，而且不一定只有一个。
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